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Wichtig ist, dass die Zeitreihen, über den Simulationszeitraum lückenfrei sind. Eventuell vorhandene Lücken in den Zeitreihen, müssen vorher geschlossen werden (z.B. über Regressionen zu ähnlichen Zeitreihen oder durch andere Annahmen). Idealerweise aber nicht zwingenderweise liegen die Zeitreihen äquidistant in mindestens der Auflösung des Simulationszeitschrittes vor. Abgesehen von den Datums- und Zeitreihenwert ist für die Simulation auch die Interpretation der Zeitreihe entscheidend. Außerdem muss darauf geachtet werden, dass Zeitreihen in der passenden Einheit angegeben sind (z.B. m³/s für den Abfluss oder mg/l für die Konzentration). Manche Systemelemente bieten die Option Zeitreihen mit einem zusätzlichen Faktor zu skalieren.