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thumb|Beispiel für ein Projektgebiet und die Abstraktion als SystemplanDie Systemlogik beschreibt die Fließbeziehungen zwischen den einzelnen Systemelementen. Dafür wird die Teilgebietseinteilung und das Gewässernetz benötigt, bzw. die Rastereinteilung und das Raster der Fließrichtungen (aus einem DGM). Außerdem sind für die gesamte abgebildete Wasserinfrastruktur die jeweiligen Zu- und Abflusselemente zu identifizieren. In der Oberfläche wird die Systemlogik als Systemplan eingegeben und dargestellt, d.h. sämtliche Systemelemente werden angelegt und entsprechend der Fließrichtung miteinander verbunden.